timeline 2004-2014
This timeline summarizes the first decade of developments of CELLmicrocosmos from 2004 to 2014.
Over the last years, a number of theses and courses has been involved in the building of the CELLmicrocosmos. This timeline should give a short overview to you. More informations you will get by clicking onto the different topics.
WS2003/2004
ZellVisualisierung
idea
models
animation
WS2004/2005
seminar about some basics in system biology and virtual reality
introduction of amira
SS2005
model-integration in amira
first version of the amira-plug-in
research on cell biology
WS2005/2006
SS2006
Interaktive 3D-ZellVisualisierung
amira plug-in finished
Cm website
WS2006/2007
SS2007
WS2007/2008
Programmieren einer Software für die Visualisierung von Zell- und Membranmodellen in VRML und PDB
Entwicklung einer Schnittstelle zur Integration membranberechnender Algorithmen in den CELLmicrocosmos 2.1
SS2008
WS2008/2009
Recherche, Berechnung & Visualisierung der Lipid-/Proteinrelationen in Mitochondrienmembranen mit dem für diese Zwecke zu erweiternden CELLmicrocosmos 2.1 Membrane-Editor
SS2009
WS2009/2010
Erweiterung des Zellmembraneditors CELLmicrocosmos 2.1 um eine semi-automatische Proteinplatzierung unter Verwendung von PDBTM-Daten
Die Generierung energetisch günstiger Membransegmente im CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor durch Erweiterung auf eine atomare Behandlung der Moleküle
Implementierung von SBML-Import/Export in den CELLmicrocosmos Cell Explorer unter Verwendung von metabolischen Netzwerken und 3D-Daten
SS2010
Cell Modelling
WS2010/2011
Cell Modelling
SS2011
Cell Modelling
Entwicklung eines CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor Plugins zur Verwaltung von molekulardynamischen GROMACS- Simulationen in Cluster-Umgebungen
WS2011-2012
Cell Modelling
Entwicklung und Evaluierung der Educational Edition des CELLmicrocosmos CellExplorer
Analyse wirtschaftlicher Potentiale und Entwicklung von Geschäftsmodellen für Open-Source-Projekte anhand der E-Learning-Software CELLmicrocosmos CE³
SS2012
Cell Modelling
Entwurf eines Programms zur Voronoi-Diagramm-unterstützten Analyse von Membransimulationen
Membrane-Mapping und Optimierung der molekularen Darstellung mit Java 3D in den CELLmicrocosmos Anwendungen
WS2012-2013
Cell Modelling
Molekül- und Zellvisualisierung
CELLmicrocosmos - Integrative Cell Modeling at the Molecular, Mesoscopic and Functional Level
Erweiterung des GROMACS-Plugins für den CELLmicrocosmos MembraneEditor um eine dynamische GUI-Generierung und eine verbesserte Befehls- und Clusterverwaltung unter Verwendung des SSH-Protokolls
SS2013
Cell Modelling
Aufbau einer Membrandatenbank und Anbindung an den CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor
Entwicklung eines Konformationsgenerators für Lipide und Adaption des Platzierungsalgorithmus The Wanderer an die geschaffenen Möglichkeiten
Entwicklung eines Plugins für den CELLmicrocosmos 2.2 MembraneEditor zur Generierung von Gromacs-kompatiblen Topologien für Lipide
CELLmicrocosmos project 
project 
intro